Microscopio de fluorescencia es un tipo especial de microscopio óptico que utiliza fluorescencia y fosforescencia en lugar de o además de la reflexión y la absorción para estudiar las propiedades de las sustancias orgánicas o inorgánicas.
Ampliamente utilizado en campos como la biología celular y la biología molecular, la medicina y la investigación clínica, la neurociencia, la ciencia ambiental, la inmunología, la investigación del cáncer, etc.