Agitadores de microplacas están especialmente diseñados para acomodar microplacas estándar, como las comunes placas de 96 pocillos, Tubos de PCR, y tubos de centrífuga. Se utilizan principalmente para ELISA y aplicaciones similares. El modo de agitación más común es movimiento orbital, y el la amplitud es típicamente pequeña para evitar derrames de líquido.